pdfToolbox Server では、ホットフォルダを使用して callas pdfToolbox を自動化する最も簡単な方法を提供しています。監視対象のフォルダを複数設定でき、各フォルダにはあらかじめ定義されたプロファイルまたは処理プランを割り当てることができます。PDF ファイルがこれらのフォルダのいずれかに入ると、pdfToolbox が自動的にそのファイルを検出し、処理を行います。
pdfToolbox Server でホットフォルダを設定する場合、PDF ファイルが取得される入力フォルダは常に 1 つだけになります。 次に、複数の出力フォルダを定義することができ、処理結果に応じて、処理済みのPDFファイルがそれらの出力フォルダのいずれかに保存されます。これにより、問題のないファイル（たとえば、プリフライトチェックでエラーが発生しなかったファイルなど）を1つの出力フォルダに、エラーのあるファイルを別のフォルダに保存するようなワークフローを設定することが可能になります。
pdfToolbox Serverでは、プロファイルや処理プランを使用してPDFファイルを処理する際、検出した情報項目、警告、エラーを当然ながら記録します。この情報は、PDFファイル自体に関する一般的な情報とともに、プリフライトレポートとしてエクスポートすることができます。 pdfToolbox Serverは、pdfToolbox Desktopと同じすべてのレポート形式（PDF、XML、JSONなど）に対応しており、各出力フォルダごとに生成するレポート形式を選択できます。これらのレポートは、処理されたPDFファイルと同じフォルダに出力されます。
pdfToolbox Server では、必要なだけ多くのホットフォルダ設定を作成できます。各設定には、異なるプロファイルや処理プランを割り当てることが可能です。また、各設定に独自の出力フォルダを設定できるため、柔軟性が無限に広がります。
必要に応じて、これらのホットフォルダ設定をカスケード接続することも可能です。つまり、あるホットフォルダ設定の出力フォルダが、別のホットフォルダ設定の入力フォルダとしても機能します。これにより、ワークフローや自動化アプリケーションを使用することなく、より複雑なワークフローも簡単に作成できます。
pdfToolbox Serverには、独立した設定アプリケーションは付属していません。pdfToolbox Desktopには「Server」ダイアログウィンドウがあり、そこからpdfToolbox Serverの起動・停止や、ホットフォルダの設定を行うことができます。
ホットフォルダの設定を行う際、pdfToolbox DesktopはpdfToolbox Serverと同じマシン上で実行されている必要はありません。 データセンター内の Linux マシンで pdfToolbox Server を実行しながら、macOS または Windows デスクトップを使用して、そのマシン上のホットフォルダを設定したり、更新されたプロファイルをホットフォルダ設定のいずれかにプッシュしたりすることができます。